Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda giusquartu » 21/02/2020, 12:18

il problema mi chiede, "La città presa in esame ha una popolazione di 100.000 abitanti. Usando la coltura come esame da "gold standard" si scopre che 5.000 persone nella città hanno un'infezione da Chlamydia. Un nuovo DNA marker per la Chlamydia è positivo in 4.000 soggetti dei quali, solo 3.000 sono positivi con la coltura.
Qual è il Valore Predittivo Positivo del nuovo esame usando il DNA marker ?
Quale è la specificità del nuovo esame usando il DNA marker ?

Io so che il Valore Predittivo Positivo si calcola come Veri positivi/Totale dei positivi
So anche che la specificità è uguale ai Veri Negativi/Sani totali
però ho difficoltà a individuare quali siano i Veri negativi, i Veri positivi ecc..
Qualcuno potrebbe aiutarmi ? Grazie
giusquartu
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Re: Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda Faussone » 21/02/2020, 12:41

Ti metto qui comunque il link ad un problema molto simile che avevo inventato io, un po' datato come capirai, (tra l'altro l'utente che lo ha svolto nel dettaglio mi pare fosse tra i più in gamba risponditori in questa stanza).
Ultima modifica di Faussone il 21/02/2020, 12:43, modificato 1 volta in totale.
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Re: Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda giusquartu » 21/02/2020, 12:42

scusami ma non faresti prima a dirmi i veri negativi sono tot, i falsi negativi sono tot
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Re: Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda giusquartu » 21/02/2020, 12:50

Faussone ha scritto:Sicuramente se trovi le risposte di tommik a questo tipo di problemi sarà meglio, ti metto qui comunque il link ad un problema molto simile che avevo inventato io, un po' datato come capirai, (tra l'altro l'utente che lo ha svolto nel dettaglio mi pare fosse tra i più in gamba risponditori in questa stanza).


Grazie per avermi linkato il problema, ma sinceramente non lo trovo per nulla uguale. Ripeto quello che ho già scritto. Il mio problema non è come si calcola, quello lo so, ma in questo problema non riesco a individuare i dati da usare nella formula. Ci sono due test uno è il DNA marker che è quello che mi chiede e l'altro è la coltura e mi confonde.
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Re: Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda giusquartu » 21/02/2020, 13:58

Sergio ha scritto:Mi pare di capire che si tratti di infezione da clamidia e che si assuma che la coltura dia risposte certe. Che vuol dire esame "gold standard"? A leggere su Wikipedia, una coltura effettuata male può dare falsi negativi, almeno sulle donne. Forse per "gold standard" si intende una coltura fatta con tutti i crismi, tanto da dare risposte certe?
Se è così, è solo l'altro test che può dare falsi positivi e falsi negativi, e mi pare facile calcolarli.


Con il termine Gold standard in medicina ci si riferisce al test che ci permette di ottenere il maggior numero possibile di informazioni. Esempio il gold standard per un'emorragia cerebrale è la TC. Ma il problema qui è un altro, C'è un altro test (da quello che dice il problema dovrebbe essere migliore) e mi chiede il Valore predittivo positivo del nuovo test.
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Re: Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda Faussone » 21/02/2020, 14:11

Secondo me si intende che 5000 sono i reali malati su 100000 abitanti (il Gold standard è il test che va preso come affidabile al 100%), il nuovo test è un test più semplice e veloce ma meno affidabile.


A me non pare molto diverso dal problema che ti ho linkato:

$100000$ abitanti $->$ $1000$ sosia di B

$5000$ infetti $->$ $1$ B

probabilità che il test dia esito positivo se si è malati (trova tu il valore) $->$ $51%$ che B sia riconosciuto dal colloquio

probabilità che il test dia esito positivo se si è sani (trova tu il valore) $->$ $20%$ di probabilità che un non B sia riconosciuto dal colloquio
Ultima modifica di Faussone il 21/02/2020, 14:49, modificato 2 volte in totale.
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Re: Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda giusquartu » 21/02/2020, 14:20

Faussone ha scritto:Secondo me si intende che 5000 sono i reali malati su 100000 abitanti (il Gold standard è il test che va preso come affidabile al 100%), il nuovo test è un test più semplice e veloce ma meno affidabile.


A me non pare molto diverso dal problema che ti ho linkato:

$100000$ abitanti $->$ $1000$ sosia di B

$5000$ infetti $->$ $1$ B

probabilità di essere malati se il test ha dato esito positivo (trova tu il valore) $->$ $51%$ di possibilità di individuare B se il colloquio ha dato esito positivo

probabilità di essere sani se il test ha dato esito positivo (trova tu il valore) $->$ $20%$ di possibilità di individuare un falso B alla fine del colloquio


La risposte vere sono
Valore Predittivo positivo 75%
Valore Predittivo negativo >95%
Specificità >95%
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Re: Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda tommik » 21/02/2020, 14:24

Faussone ha scritto:il nuovo test è un test più semplice e veloce ma meno affidabile.


è più veloce, più semplice (e quindi meno costoso) altrettanto affidabile in caso di risultato negativo avendo una specificità del $(94000)/(95000)=98.95%$ ma meno affidabile in caso di positività al test: $VPP=(3000)/(4000)=75%$

Quindi se il test risulta negativo sei ok...se invece risulta positivo va rifatto, o sempre con il medesimo marker1 oppure con l'altro.

EDIT: non avevo ancora letto le risposte ma, come vedi, sono corrette (il valore predittivo negativo non era richiesto dalla traccia che hai postato all'inizio del thread)

Note

  1. nel qual caso quanto vale il nuovo VPP? (calcolare)
tommik
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Re: Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda Faussone » 21/02/2020, 14:34

tommik ha scritto:è più veloce, più semplice (e quindi meno costoso) altrettanto affidabile in caso di risultato negativo avendo una specificità del $(94000)/(95000)=98.95%$ ma meno affidabile in caso di positività al test: $VPP=(3000)/(4000)=75%$


Sì giusto, intendevo affidabilità in senso generale.

EDIT2
@giusquartu

Ho corretto la parte in cui descrivevo l'equivalenza dei due problemi, credo si capisse, ma ero stato impreciso nelle definizioni.

A proposito, sono abituato frequentando il forum da più di 10 anni, ma fa sempre effetto quando uno scrive subito quando cerca (pretende) la risposta e poi avendola ottenuta non ringrazia nessuno....
Ultima modifica di Faussone il 21/02/2020, 14:51, modificato 1 volta in totale.
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Re: Specificità, Valore predittivo positivo

Messaggioda tommik » 21/02/2020, 14:51

A chi interessa, il VPP del nuovo marker, posto che si facciano due test consecutivi e si ottengano due risultati positivi, viene $99.42%$ quindi in caso di positività basta ripeterlo per avere un'ottima affidabilità.

@giusquartu: non è difficile calcolarlo ed è un ottimo esercizio (se uno ha interesse ad imparare, ovviamente)
tommik
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