Python in Complex Networks

Messaggioda mic_1 » 15/04/2019, 16:15

Ciao a tutti!
Per un esame devo preparare un algoritmo in python in reti complesse. Premetto che non sono esperta di programmazione e mi sto approcciando ora con il linguaggio.

Sono qui ora per chiedervi un consiglio su come approcciarmi... sebbene abbia studiato la teoria delle reti e algoritmi non so come iniziare il programmino:
non capisco se devo partire dalla rete secondo l'argomento prescelto e quindi in base al tipo ipotizzare un certo numero di nodi e di links oppure fare un import dataset come matrice ed effettuare delle elaborazioni di calcolo statistico.

Potreste darmi dei suggerimenti? Grazie mille!!!
Ultima modifica di mic_1 il 15/04/2019, 19:08, modificato 1 volta in totale.
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Re: Python in Networks Complex

Messaggioda gugo82 » 15/04/2019, 17:32

Moderatore: gugo82

E cosa ci fa ciò in Fisica?

Sposto.

Più attenzione, grazie.
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Re: Python in Complex Networks

Messaggioda mic_1 » 15/04/2019, 18:54

E' un esame di fisica applicata!!! c'entra eccome!!
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Re: Python in Complex Networks

Messaggioda axpgn » 15/04/2019, 19:48

Ma è un problema "informatico" non "fisico"
Sarebbe come se chiedessi qual è il metodo per risolvere un'equazione di secondo grado nella sezione d Fisica solo perché devi risolvere un problema relativo al moto parabolico ... :roll: ... e poi il crossposting non si fa
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Re: Python in Complex Networks

Messaggioda mic_1 » 15/04/2019, 20:10

Ripeto. Mi era stato spostato il post.
E' necessario perchè è un esame interdisciplinate e al momento ho bisogno di chiedere a chi è di fisica applicata come hanno affrontato questo tipo di progetto.

Gli esami sono RETI COMPLESSE e METODI FISICI DELLA BIOLOGIA CON LABORATORIO!
Devo realizzare un unico progetto in python che assembli questi argomenti.
Al momento non sto chiedendo altro che info sul progetto di FISICA APPLICATA per cui l'ho inserito nella sezione di FISICA APPLICATA.

E' un problema FISICO e non informatico, se analizzi attentamente la tematica senza soffermarti agli strumenti da utilizzare ;)
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Re: Python in Complex Networks

Messaggioda gugo82 » 15/04/2019, 22:55

@mic_1: Nello OP non c’è scritto nulla di tutto ciò che hai aggiunto dopo, quindi lo staff non poteva indovinare le tue necessità.
Secondo te chiediamo di essere specifici per farvi perdere tempo?

Detto ciò:

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Sarebbe bastato un PM per spiegare la situazione ad un moderatore e far tornare tutto come era prima.
Non c’era bisogno di aprire un nuovo thread, non c’era bisogno di fare tutto questo baccano, non c’era bisogno di prendertela con altri utenti che ti facevano notare le mancanze del tuo post.

Che ciò non si ripeta.
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Re: Python in Complex Networks

Messaggioda apatriarca » 16/04/2019, 01:25

Il problema mi sembra comunque ancora molto generico. Non è chiaro l'esatto contenuto del corso e quindi l'approccio da applicare nello svolgere il tuo progetto. A seconda dell'oggetto del tuo studio (sia esso fisico o biologico o qualcosa di puramente teorico come una rete casuale) e del tipo di informazioni che vuoi ottenere la risposta alla tua domanda iniziale potrebbe essere molto diversa.

Non si tratta del forum del tuo corso per cui se vuoi ottenere aiuto il modo migliore è quello di fornire il maggior numero di informazioni sul contenuto del corso e su quali sono le richieste del progetto.
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Re: Python in Complex Networks

Messaggioda mic_1 » 16/04/2019, 11:54

Provo a spiegarmi un po di più se riesco :-D :oops:

Devo realizzare un progetto in python su reti complesse e quindi fare uno studio e analisi di una rete che possa essere sociale, biologica etc.

Dal momento che devo fare un progetto simile in big data su Metodi Fisici in Biologia, si è pensato di realizzare un unico progetto su una rete biologica che possa essere una INTERAZIONE TRA PROTEINE o SISTEMA IMMUNITARIO etc...

Il mio problema è che non so proprio come iniziare e il professore è irrintracciabile.

Tutto questo dovrebbe servire, mi pare di aver capito, per rilevare ad esempio una cellula cancerogena (uno dei nodi).
( le malattie/disturbi sono ben collegate tra loro e quindi portate a formare una rete.)

Ho trovato qualcosa in python per la bioinformatica ma trattasi di studio del DNA e geni.
Mi pare di capire che possa essere preso in esame per i big data ma nel caso di reti complesse non trovo riscontro.
Nello studio e analisi di una rete vengono prese in considerazione Interazioni tra Proteine, Interazioni tra geni, Sistema Immunitario, Sistema Nervoso.

Dopo tutto questo, avrei bisogno di un consiglio/aiuto perchè non voglio complicarmi la vita ne sbagliare su come gestire il tutto.

Spero di essere riuscita a farmi capire
Grazie a tutti per l'attenzione!

PS: Tra gli argomenti di Reti Complesse c'è la Teoria dei grafi, grafo diretto e non, Markov, Scale-free, grafi a Random, le varie distribuzioni di Bernoulli, Poisson, Gauss a seconda del tipo di rete... etc
Tra gli argom di Metodi Fisici in Biologia c'è la Biologia Cellulare, Biologia Molecolare, Entropia, Cinetica etc
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Re: Python in Complex Networks

Messaggioda vict85 » 16/04/2019, 13:49

Secondo me stai ragionando sull'aspetto meno importante di tutto il progetto: il linguaggio di programmazione che userai. Python potrebbe avere delle librerie utili ma non serve a nulla finché non hai le idee chiare su cosa tu debba implementare.

Il tuo messaggio suona un po' come se tu dovessi scrivere un romanzo in italiano. Che potrebbe essere d'amore o di avventura. Ma sicuramente avrà un lieto fine. E che hai trovato romanzi di formazione in italiano, che potrebbero essere simili a quello che vuoi ma non esattamente. Capisci che non è facile aiutarti.

Ora, supponiamo che tu abbia un grafo di cellule e che una di questa sia cancerogena. Che cellule fanno parte del grafo? Che cosa vuol dire che due cellule sono connesse? La relazione è statica o dinamica? Si tratta di una simulazione? Come le cellule interagiscono l'una con l'altra? Cosa distingue una cellula cancerogena da una che non lo è nel tuo grafo? Che tipo di dati possiedi (insomma il tuo studio si basa su dati reali ricevuti da qualche fonte)? Questi dati vanno elaborati in che modo per essere utilizzabili dal tuo algoritmo? In che modo devi presentare i dati?
Insomma, prima di incominciare a usare python devi eliminare tutti i "forse" e i "dovrebbe essere". A quel punto, e solo allora, sarà opportuno chiedersi "Quel'è il miglior modo per applicare l'algoritmo A sui dati B per produrre C utilizzando python?" oppure "Che struttura dati di python devo usare per gestire questo tipo di dati?".

Quindi il mio suggerimento è prima di tutto capire che cosa devi fare, che dati possiedi, che risultato ti aspetti di dover ottenere e che metodo di risoluzione è necessario per produrre questo risultato.
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Re: Python in Complex Networks

Messaggioda mic_1 » 16/04/2019, 17:31

Ma infatti hanno spostato il post nella sezione di informatica ma non mi pare aver chiesto info legate a python o all'installazione. Ho già installato tutto, librerie comprese ma è proprio nell'analisi il mio problema.

Ho studiato gli argomenti, ho tutti gli strumenti ma non so come iniziare :-D :P :oops:

Per questo avevo aperto in FISICA APPLICATA, perchè chi ha la medesima problematica da affrontare o ha in passato affrontato può darmi indicazioni utili.

IO non possiedo alcun dato!!!!
Devo semplicemente applicare la teoria... MA... nella teo dei grafi viene espressamente indicato tra i diversi tipi di grafo quale è usato per un argomento e quale per un altro... come ad esempio nella teoria viene spiegato il PAGERANK di Google e il tipo di grafo dei Social Networks differente dal grafo per una interazione tra proteine.

Cmqsia ogni grafo ha un comportam/studio differente e... cmq un certo numero di nodi e links (come li devo considerare? cerco un esempio reale sul web e lo analizzo? prendo una immagine e da li (se si può fare) estrapolare le info di n. nodi e m. links? o da un dataset scaricato dal web (perchè esempi di file .csv si trovano pubblicamente) ?

Sto prendendo spunto da Cytoscape: software che permette lo studio di una rete biologica.
Per calcolare poi il coeff di clustering, il diametro dei nodi, distribuzione di connettività, shortest path, Markov, l'entropia......etc.. devo cmq partire da un grafo.

Ora, una volta scelto l'argomento a cui è associato un determinato tipo di grafo...cosa devo fare? Caricare un grafico come immagine e da li fare uno studio approfondito oppure caricare i dati da un file o vado per ipotesi?

Premetto che io non ho nulla a livello pratico.

GRAZIE!
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