sulle metodologie del Censis nutro i miei dubbi (tra l'altro la mia università per la cronaca non è nemmeno contemplata in quanto troppo giovane).
il mio modesto parere è che, in prospettiva futura, è meglio frequentare un'università medio-grande, in quanto vi si fa più ricerca e in più campi. all'apparenza ci sono più studenti e questo può far pensare che essi siano seguiti meno, ma di esperienze negative ne ho sentite veramente poche (a meno che non si torni negli anni del baby-boom, quando ad esempio in Statale a Milano c'erano circa tre centinaia di studenti di Fisica e altrettanti di Matematica), io non ho mai dovuto fare la coda per parlare con i professori, i quali non mi hanno mai sbuffato in faccia, anzi! bisogna tener conto che nelle università più grandi (che sono penso nell'ordine Roma 1, Napoli, Milano, Pisa, Padova, Torino, Milano-Bicocca) ci saranno circa 90 studenti per anno (a Tor Vergata e Trieste saranno un pochettino meno), ma il tasso d'abbandono è molto molto alto, vedo nel mio dipartimento (Milano-Bicocca) che al secondo anno la classe è formata da 52 persone, e al terzo quando si separano i vari curriculum in classe si è in meno di 10 e il rapporto studenti-docenti è privilegiato (si pensi alla situazione in altre facoltà!). questo ovviamente accade a maggior ragione anche nelle università piccole, ma le scelte sono più settoriali (questo non vuol dire che la ricerca e la didattica non possano essere di alto livello comunque) e questo si riflette anche in termini di tesi e "visibilità".
Dunque mi sentirei di consigliarti quelle università citate sopra (forse Napoli boh, non so se siano luoghi comuni le storie di nepotismo e baronaggio). guarda la città che ti attira maggiormente
scherzo, dipende ovviamente da cosa ti interessa di più, (ad esempio a Milano i settori sono molto differenziati: in Bicocca sono forti astrofisica, teorica, particellare, in Statale fisica medica, laser... ) su questo ti conviene informarti un po'.
sui professori, tante volte capita di essere affascinati dai nomi noti al pubblico, non è detto che essi siano realmente i migliori nel campo (anche se può darsi tutto). un buon crivello è vedere le pubblicazioni recenti dei professori del settore della ricerca che più ti interessa.
poi guarda anche come è strutturato l'anno didattico (trimestri/semestri), secondo me è migliore la seconda scelta, ma va a gusti
PS non è verissimo che a Pisa non ci sono strutture di alta ricerca, mi viene in mente ad esempio l'esperimento Virgo nelle campagne toscane
PPS le opportunità lavorative tendono a zero ovunque